W latach 1993-2008 biskup Stefanek był dyrektorem Instytutu Studiów nad Rodziną Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Pełnił funkcję rektora seminarium duchownego w Szczecinie, wikariusza generalnego i kanonika kapituły katedralnej w Szczecinie. 26 października 1996 r. został mianowany biskupem diecezjalnym diecezji łomżyńskiej, którą w kanoniczne posiadanie objął 28 października 1996 r. Uroczysty ingres do katedry łomżyńskiej odbył 17 listopada 1996 r. Odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. 11 listopada 2011 r. zakończył posługę pasterską jako Biskup Diecezjalny i przeszedł na emeryturę.
W 2006 r. konsekrował biskupa pomocniczego łomżyńskiego Tadeusza Bronakowskiego, a w 2011 r. był współkonsekratorem podczas sakry swojego następcy - biskupa diecezjalnego łomżyńskiego Janusza Stepnowskiego.
Śp. Biskupa Stanisława Stefanka polecamy Miłosierdziu Bożemu.
Wieczny odpoczynek racz Mu dać Panie…
* * *
Msza Święta żałobna z podziękowaniem za wieloletnią posługę śp. bpa Stanisława dla Kościoła nad Odrą i Bałtykiem odbędzie się we wtorek 21 stycznia 2020 r. o godz. 12.00 w sanktuarium Najświętszego Serca Pana Jezusa w Szczecinie przy pl. Zwycięstwa.